Los objetivos del tratamiento son controlar la infección y reducir los síntomas. Los síntomas agudos por lo general desaparecen 48-72 horas después del tratamiento adecuado.
Después de obtener un urocultivo para identificar las bacterias, se seleccionan antibióticos de amplio espectro para tratar la infección de forma provisional mientras se espera al resultado del cultivo. Una vez que se cuenta con los resultados del cultivo y del antibiograma, se cambia el tratamiento al antibiótico más específico.
Inicialmente, pueden emplearse antibióticos intravenosos para controlar la infección bacteriana si ésta es severa o si el paciente no puede tomar antibióticos por vía oral. En los casos agudos de pielonefritis se pueden administrar antibióticos durante 10 y 14 días.
La mayoría de los casos de pielonefritis mejoran sin complicación después del tratamiento. Sin embargo, es posible que el tratamiento deba ser agresivo o prolongado. Si se presenta sepsis, ésta puede ser mortal.
Se deben realizar nuevos cultivos una vez terminado el tratamiento y tras unos días para comprobar que ya no existe infección.
En el caso de que la infección persista, se debe cambiar el antibiótico a otro más "fuerte".