El tratamiento de las úlceras y las infecciones corneales depende de la causa y requiere una actuación rápida para evitar lesiones permanentes en la córnea que comprometan la visión. Se prescriben antibióticos de amplio espectro; es decir, que son efectivos para una gran parte de los microorganismos y, tras identificar la bacteria por el cultivo realizado a partir del raspado de la córnea, se inicia el tratamiento con el antibiótico más eficaz contra dicha bacteria; o el tratamiento con antimicóticos o antivirales , si son los virus o los hongos el agente causal de la lesión. Se utilizan corticoides en gotas para controlar la inflamación.
Si no recibe tratamiento, una úlcera o infección corneal puede dañar la córnea de forma permanente e incluso perforar el ojo, con la consiguiente diseminación de la infección que puede llevar a la pérdida del mismo. En ocasiones, es necesario recurrir al trasplante de córnea a causa de las lesiones permanentes de la misma por cicatrización.