El mejor tratamiento se limita a aliviar los síntomas. Se pueden realizar cambios en la dieta (que no siempre funcionan) con aumento de la cantidad de fibra y reducción de las sustancias que favorecen la aparición del síntoma (cafeína o alcohol, entre otros), además de medidas para disminuir la ansiedad (como la práctica de ejercicio, por ejemplo).
Los fármacos se reservan para cuando la intensidad de los síntomas lo aconseje, y se dirigen a controlar el síntoma concreto predominante. En este caso, se acostumbran a recomendar espasmolíticos, estimulantes de la movilidad intestinal, antidiarreicos, laxantes, antidepresivos y ansiolíticos.