La toma de una muestra para el cultivo endocervical no entraña riesgos para la salud de la mujer. A lo sumo puede causarle una ligera molestia la introducción del espéculo en la vagina, y puede experimentar un leve dolor en el momento en que el médico toca el cuello del útero con los instrumentos que utiliza para regoger la muestra.
La toma de muestra endocervical estaría contraindicada en la mujer embarazada, en la que sólo se tomarían muestras de sus paredes vaginales. En mujeres vírgenes que no acepten la colocación del espéculo vaginal o en niñas, la toma de muestra endocervical se realizará a ciegas mediante la introducción de un escobillón por el orificio vaginal.
