El orlistat está contraindicado en los pacientes con colestasis y, debido a sus efectos sobre la absorción de nutrientes y vitaminas, está contraindicado en pacientes con síndrome de malabsorción crónica.
Aumenta los niveles de oxalato en orina y se debe utilizar con precaución en pacientes con historia de nefrolitiasis por oxalato de calcio con hiperoxaluria.