La amigdalitis crónica se produce como resultado de las infecciones repetidas de las amígdalas que acaban dejando un residuo de gérmenes acantonados, los cuales mantienen un estado de infección permanente. Según la edad y la fase evolutiva se distinguen varios tipos:
Cuando la infección crónica da lugar al desarrollo exagerado del tejido que forman las amígdalas se habla de amígdalas hipertróficas, lo que suele ocurrir en niños. En algunos casos, estas amígdalas pueden obstruir la entrada a la faringe.
Posteriormente, la infección crónica puede provocar incluso la formación de pequeños cúmulos de pus en profundidad que, al abrirse, forman pequeños cráteres en su superficie: son las amígdalas crípticas, caracterizadas por su superficie perforada por numerosos orificios que se comunican, por los que puede aparecer una secreción amarillenta grumosa llamada caseum.
En la edad adulta, cuando las amígdalas dejan de ser funcionantes, la infección crónica destruye el tejido amigdalar, dando lugar a las llamadas amígdalas atróficas, de tamaño muy reducido.
Las amigdalitis cursan con mal sabor de boca y alteraciones del gusto, y son un foco de infección que puede causar inapetencia, somnolencia y accesos de fiebre ocasional a lo largo de toda la vida.