El médico rociará con un anestésico la boca y la garganta y se coloca un catéter intravenoso para la aplicación de medicaciones adicionales y para mantener una vía venosa permeable durante el examen. La enfermera mantiene monitorizadas sus signos vitales, le aplica oxigeno en caso de necesidad y le administra medicación sedante por vía intravenosa si fuera necesario.
Se inserta el broncoscopio por la nariz o la boca y éste pasa por la faringe, la laringe, atraviesa las cuerdas vocales y entra a la tráquea. En este momento puede sentir que no puede respirar, pero esto es sólo durante un instante. Durante el procedimiento, a través del tubo se le aplica medicación para disminuir el reflejo de la tos y poder realizar el examen. No se puede hablar durante el procedimiento.