El análisis de orina muestra leucocitos o una franca piuria, y puede haber glóbulos rojos como expresión de una hemorragia. Se debe realizar un cultivo de orina para determinar el microorganismo causal. Es necesario encontrar una cantidad significativa de bacterias en el cultivo para poder diagnosticar la enfermedad y la recogida de la muestra se realizará con la máxima higiene, lavando previamente la zona y desechando la primera parte del chorro de orina. Las mujeres presentan una gran incidencia de contaminación vaginal de los cultivos, por lo que deben lavarse los genitales con agua y jabón neutro antes de la toma y de forma escrupulosa, separando bien los labios de la vulva.
Es necesario obtener un crecimiento de más de 100.000 UFC/cc (unidades formadoras de colonias/centímetro cúbico) en un paciente sintomático o no para que el cultivo sea significativo. Además, si se trata de E. coli, se tendrá en cuenta un crecimiento de 100 UFC/cc de E. coli en la mujer con síntomas y un crecimiento de más de 1.000 UFC/cc en el varón sintomático. Normalmente, el microorganismo aislado es E. coli, que procede de contaminación del recto por las heces, pero también se pueden aislar: Proteus, Klebsiella, Enterobacter, Citrobacter, Pseudomonas, Serratia, estafilococo estreptococo fecal y estafilococo saprofítico.
Se debe realizar al mismo tiempo un antibiograma para optimizar el tratamiento antibiótico y seleccionar el más efectivo.
Los resultados del cultivo tardarán varios días y se debe instaurar un tratamiento provisional, mientras tanto, que se basará en los gérmenes más frecuentes en la comunidad y el antibiótico de amplio espectro que no presente resistencias en esa zona.
Desafortunadamente, es bastante frecuente que los pacientes se automediquen antes de acudir al médico, impidiendo la realización de los cultivos pertinentes, ya que serán negativos si se realizan después de instaurado el tratamiento antibiótico.